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科技日報實習記者 張佳欣
據7日發(fā)表在《自然》雜志上的論文，美國加州大學圣地亞哥分校和斯克利普斯研究所聯(lián)合開發(fā)了一種名為“Freyja”的算法，用于在早期檢測廢水中的新冠病毒變異株，只需兩茶匙未經處理的污水，就可準確測定新冠病毒變異株。
加州大學圣地亞哥分校在數十個地點通過自動采樣機器人收集了廢水樣本，加州大學圣地亞哥分校的實驗室分析了這些樣本中的新冠病毒RNA水平，并在斯克利普斯研究所實驗室做進一步的計算分析。圖片來源：埃里克·杰普森/加州大學公共藝術委員會
斯克利普斯研究所研究人員開發(fā)了一個“條形碼”庫，可根據每個變異株特有的短RNA片段來識別新冠病毒變異株，并編寫了一種新算法，通過篩選廢水中的大量遺傳信息來匹配這些條形碼。由此生成的免費程序Freyja，已經被美國公共衛(wèi)生機構廣泛用于廢水監(jiān)測。
研究人員表示，在實驗室對廢水樣本進行測序后，只需運行Freyja，20秒就可得到結果。當研究人員將Freyja應用于廢水樣本并將結果與圣地亞哥市的臨床數據進行比較時，他們發(fā)現該工具在臨床報告前14天就在廢水中檢測出了“值得關切的變異株”，包括阿爾法、德爾塔和奧密克戎變異株。
2021年7月27日，研究人員在加州大學圣地亞哥分校的廢水中檢測到繆變異株9（B.1.621），這是在校園首次臨床檢測的4周前檢測出來的。同年11月27日，該團隊還在圣地亞哥首次臨床報告前11天檢測到廢水中的奧密克戎變異株。
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